Le médecin peut prescrire les médicaments homéopathiques dans une situation dite « aigüe », c’est-à-dire pour traiter une affection qui survient brutalement et de manière occasionnelle. Dans ce cas, le traitement est prescrit sur quelques heures ou quelques jours.
Il peut aussi y avoir recours pour certaines maladies dites récidivantes, c’est-à-dire qui reviennent régulièrement ; comme par exemple l’allergie aux pollens, les migraines, les rhumatismes, l’herpès, etc. Le médecin prescrit alors un traitement sur une période plus longue : il cherche à faire diminuer, voire disparaitre, le nombre, la durée et l’intensité des crises.
Dans tous les cas, le médecin choisira un traitement adapté au patient et à sa façon spécifique de réagir à la maladie.